A iniciativa da fundação de um colégio dirigido por religiosas, em São Borja, foi de D. Hermeto José Pinheiro, bispo de Uruguaiana e Monsenhor Patrício Petit-Jean, vigário de São Borja.

No dia 19 de fevereiro, chegaram à cidade as fundadoras da Escola: Madre Maria Antônia Perini, Madre Josefina Zeni e as irmãs Inês Astori, Inácia Tombini, Madalena Högliger, Marieta Libardoni e Gina Bacalli, vindas de Três de maio. Na missa, celebrada diante da porta do chalé, Monsenhor Patrício Petit-Jean disse: "o novo colégio católico levanta-se justamente sobre as ruínas do antigo colégio das missões jesuíticas. A terra que pisamos é sagrada".

No dia 19 de março de 1932, sob a proteção de São José, deu-se a abertura do ano letivo, inaugurando-se o Colégio Sagrado Coração de Jesus em São Borja. Milhares de alunos, oriundos do Colégio, prestaram e prestam serviço à comunidade, ajudando a construir a História de São Borja. No mesmo endereço, desde a sua fundação, o Colégio viu a cidade missioneira crescer e desenvolver-se.

Diretoras

• Madre Maria Antônia Perini - 1932 / 1943
• Madre Jerônima Zannoni - 1944 / 1959
• Irmã Fernanda Cerutti - 1960 / 1970
• Irmã Maria José Fronza - 1971 / 1975
• Irmã Cláudia Costa Beber - 1976 / 1979
• Irmã Helena Mary Jaques Martins - 1980 / 1982
• Irmã Jaci Prates Brair - 1983 / 1987
• Irmã Cláudia Costa Beber - 1976 / 1979
• Irmã Leonilde Superti - 1994 /2005
• Profª. Caroline Batista Cabeleira Aquino - 2006

Como as duas primeiras Irmãs eram italianas, encontra-se uma Professora que fazia às vezes de diretora, no período da guerra, respondendo no lugar de Madre Maria Antônia.

No lugar de Madre Jerônima, no Curso Normal, uma brasileira respondia, enquanto ela não se naturalizou.

Cada uma, com suas características e seu dinamismo procuraram promover o Colégio Sagrado Coração de Jesus e trabalhar para desenvolvimento do povo São-Borjense.